Fasta Eine schnelle Protein- oder Nukleotid-Vergleichsanwendung
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Fasta Ranking & Zusammenfassung

Fasta Stichworte

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Fasta Beschreibung

FASTA ist eine umfassende Anwendungssuite, die zum schnellen Protein- oder Nukleotidvergleich verwendet werden kann. Dieses Programm erreicht ein hohes Maß an Sensibilität für die Ähnlichkeit mit hoher Geschwindigkeit. Dies wird erreicht, indem optimierte Suchen nach lokalen Ausrichtungen mithilfe einer Substitutionsmatrix durchgeführt werden. Die hohe Geschwindigkeit dieses Programms wird erreicht, indem das beobachtete Muster von Word-Treffer verwendet wird, um potenzielle Übereinstimmungen zu identifizieren, bevor Sie den mehr zeitaufwändigen optimierten Suchen versuchen. Der Kompromiss zwischen Geschwindigkeit und Empfindlichkeit wird vom KTUP-Parameter gesteuert, der die Größe des Wortes angibt. Die Erhöhung des KTUP verringert die Anzahl der Hintergrundtreffer. Nicht jedes Wortschlag wird untersucht, sondern sucht zunächst nach Segment, die mehrere nahegelegene Hits enthalten.

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