Ermelinj.

Analysieren von Gen-Sets mit dieser Anwendung.
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Ermelinj. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Paul Pavlidis
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 13.7 MB

Ermelinj. Stichworte


Ermelinj. Beschreibung

Ermelinj ist ein praktisches, einfach zu bedienendes Tool, mit dem Sie die Analyse von Gen-Sets in Expression Micro-Array-Daten oder anderen genomweiten Daten durchführen können, die zu Rankings von Genen führen. Ein typisches Ziel ist es, festzustellen, ob bestimmte biologische Wege in den Daten "etwas Interessantes tun". Die Software soll von Biologen mit wenig oder keinem Informatikhintergrund verwendet werden. Haupteigenschaften: Implementierung mehrerer Methoden zur Gen-Set-Analyse: Überdachungsanalyse Eine Resampling-basierte Methode, die Gen-Scores verwendet Eine Rang-basierte Methode, die Gen-Scores verwendet Eine Resampling-basierte Methode, die die Korrelation zwischen Genexpressionsprofilen (einer Art von "Cluster-Anreicherungsanalyse" verwendet) verwendet. Gene-Sets empfangen statistische Scores (p-Werte), und mehrere Testkorrektur werden unterstützt. Unterstützung der GEN-Ontologie-Terminologie; Benutzer können wählen, welche Aspekte zu analysieren. Benutzerdateien verwenden einfache Textformate. Benutzer können Gen-Sets ändern oder neue erstellen. Die Ergebnisse können innerhalb der Software visualisiert werden. Es ist einfach, mehrere Analysen desselben Datensatzes mit unterschiedlichen Einstellungen zu vergleichen. Benutzerdefinierbare Hyperlinks werden an externe Websites bereitgestellt, um ein effizientere Surfen der Ergebnisse zu ermöglichen. Für Programmierer gibt es eine Befehlszeilenschnittstelle sowie eine einfache Anwendungs-Programmierschnittstelle, mit der die Emerinej-Funktionalität in Ihren eigenen Code angeschlossen werden kann


Ermelinj. Zugehörige Software