Erammeln Ranking & Zusammenfassung
- Name des Herausgebers:
- Guorong Xu
Erammeln Stichworte
Erammeln Beschreibung
Sammeln ist ein praktisches, einfach zu bedienendes Werkzeug, das speziell für die schnelle Verarbeitung von SAM-Dateien entwickelt wurde, um einige der mehr Standardverfahren in der RNA-SEQ-Datenanalyse zu automatisieren. Durch die Verwendung von Standard- oder kundenspezifischen Anmerkungsdateien können Sammeln den Benutzern die genaue Lesenabdeckung für genomische Intervalle genau berechnen. Insbesondere für RNA-SEQ-Daten berechnet Sammeln genau die Genexpressions-Abundanz-Werte für alle maßgeschneiderten genomischen Intervalle, indem sie mit kurzen Lesungen mit den von beiden Exons und EXON-EXON-Kreuzungen stammen. Sammieren Sie auch schnell eine Vollgenomsignalkarte an der Basis-WISE-Auflösung, die der erforderliche Eingang ist, um ein Array von Bioinformatiksproblemen zu lösen. Sammeln exportiert eine Wackeldatei zur Ausrichtung der Visualisierung im UCSC-Genombrowser und einen Ausrichtungsstatistikbericht. Sammeln ist sowohl mit einem Single-End- als auch mit gepaartem Ende-Sequenzierungstechnologien kompatibel. Haupteigenschaften: Berechnung der genomischen Merkmale-Fülle mit RNA-SEQ-Daten Erzeugen der Signalkarte für Peak-Detektion Erzeugen von Wackelndateien für Visualisierung Ausrichtungsbericht generieren Anpassen der Gen-Anmerkungsdatei Anpassen des Chromosomennamens in der Ausgabedatei
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