Dnadistree. Eine Software für distanzbasierte Phylogene-Inferenz von DNA-Sequenzen.
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Dnadistree. Ranking & Zusammenfassung

Dnadistree. Stichworte

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Dnadistree. Beschreibung

Dnadistree ist so konzipiert, dass er entfernungsbasierte phylogenetische Bäume ergibt, die genaue topologische Beziehungen zwischen den Arten anzeigen. Genauer gesagt, dnadistree führt mehrere aufeinanderfolgende Schritte aus: 1. Es liest DNA-Sequenzausrichtungen (Nukleotide oder Codons); 2. Es schätzt, dass sie paarweise entstschieden, zwischen den einzelnen Sequenzenpaaren. Für dieses Ziel verwendet Dnadistree zahlreiche Formeln, die häufig auf Evolutionsmodellen von DNA- oder Codon-Modellen basieren (siehe hier für mehr Details); 3. es baut dank vier agglomerativen Algorithmen einen phylogenetischen Baum auf; 4. Es berechnet statistische Maßnahmen im Zusammenhang mit Distanzmatrizen und / oder entfernungsbasierten Bäumen. Dnadistree ist jedoch nicht so konzipiert, dass sie robuste Zweiglängen schätzen; Es wird empfohlen, Fitch (im Phylip-Paket), Fastme, PHYML oder PAML mit den von DNAdistree abgeleiteten Bäumen als Benutzerbaum für genauere Abstands- oder ML-basierte Zweiglängenschätzungen zu verwenden. Gib Dnadistree einen Versuch, zu sehen, was wirklich fähig ist!

Dnadistree. Zugehörige Software