Die UEA-kleine RNA-Workbench Suite von Tools zur Analyse kleiner RNA-Daten von Sequenziergeräten der nächsten Generation
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Die UEA-kleine RNA-Workbench Ranking & Zusammenfassung

Die UEA-kleine RNA-Workbench Stichworte

Die UEA-kleine RNA-Workbench Beschreibung

Die UEA Small RNA Workbench ist eine Anwendung, die entwickelt wurde, um Biologen zu unterstützen, die SRNA-Daten mit mehreren oder mehreren Mustern von Anlagen und Tieren analysieren. Sie können diese Anwendung verwenden, um interessante Sehenswürdigkeiten (z. B. Erkennung neuer Micro-RNA-Sequenzen) oder andere Aufgaben, wie beispielsweise kleine RNA-Expressionsmuster in genetischen Daten zu identifizieren. Haupteigenschaften: Adapterentferner: Entfernt Adapterfragmente aus rohen kurzen Leselaufdaten und gibt Daten in das Fasta-Format aus. -Filter: Erzeugt eine gefilterte Version eines SRNA-Datensatzes, der von mehreren benutzerdefinierten Kriterien gesteuert wird, einschließlich Sequenzlänge, Fülle, Komplexität, Transfer und ribosomale RNA-Entfernung. Mircat (Mirna-Kategorisierung): Prognostiziert Reife Mirnas und ihre Vorläufer von einem SRNA-Dataset und einem Genom. SILOCO (Kurzer interferierender RNA-Locus-Vergleich): Vergleicht SRNA-Expressionsniveaus in mehreren Proben, indem Sie SRNAs in LocI basierend auf der genomischen Lage gruppieren. Ta-Sirna (transaktionende kurze störende RNA): Vorhersage der phased Ta-sirnas in Anlagen SRNA-Datasets. Mirprof (Mirna Profiler): Bestimmt normalisierte Expressionsniveaus von Srnas, die bekannte Mirnas in Mirbase entsprechen. -Haarnadel-Annotation: Erzeugt eine sekundäre Struktur aus einer RNA-Sequenz und hebt die interessierende Bereiche mit RANPLT auf. VISSR (Visualisierung von SRNAs): Erzeugen Sie eine visuelle Darstellung von SRNAs und benutzer importierten genomischen Funktionen. Paresnip: Identifizieren Sie Mirna-Ziele, die durch den Degradome bewiesen werden

Die UEA-kleine RNA-Workbench Zugehörige Software