DNA-Strang-Verdrängungssimulator Ein Befehlszeilensimulator für DNA-Schaltungen
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DNA-Strang-Verdrängungssimulator Ranking & Zusammenfassung

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DNA-Strang-Verdrängungssimulator Beschreibung

In letzter Zeit wurden in der DNA eine Reihe von Informationsverarbeitungsschaltungen durch Verwendung von Strangverschiebungen als Hauptrechenmechanismus umgesetzt. Beispiele umfassen digitale Logikschaltungen und katalytische Signalverstärkungsschaltungen, die als effiziente molekulare Detektoren falten. Als neue Paradigmen für die DNA-Berechnung ergeben sich die Entwicklung entsprechender Sprachen und Werkzeuge für diese Paradigmen, um das Design von DNA-Schaltungen und deren Zusammenstellung auf Nukleotidsequenzen zu erleichtern. Wir präsentieren eine Programmiersprache zum Entwerfen und Simulieren von DNA-Schaltungen, in denen Strangverschiebungen der Hauptcomputermechanismus ist. Die Sprache umfasst grundlegende Elemente von Sequenzdomänen, Verbund- und Zweigmigrieren und nimmt davon aus, dass Stränge keine sekundäre Struktur besitzen. Die Sprache wird verwendet, um eine Vielzahl von Schaltungen zu modellieren und zu simulieren, einschließlich eines entropierten-angetriebenen katalytischen Gates, einem einfachen Gate-Motiv zum Synthetisieren von Großradkreisen und einem Schema zum Implementieren eines beliebigen Systems chemischer Reaktionen. Die Sprache ist ein erster Schritt zur Gestaltung von Modellierungs- und Simulationswerkzeugen für DNA-Strangverlagerungen, die das Auftreten neuartiger Implementierungsstrategien für DNA-Computing ergänzt. Die DNA-Strang-Verdrängungssimulator-Anwendung wurde als Befehlszeilensimulator für DNA-Schaltungen entwickelt.

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