Copasi Biochemische Netzwerke Analyse und Simulation leicht gemacht.
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Copasi Ranking & Zusammenfassung

Copasi Stichworte

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Copasi Beschreibung

Copasi ist ein zuverlässiges Tool, mit dem Sie biochemische Netzwerke und ihre Dynamik analysieren können. Es verfügt über eine einfach zu bedienende GUI, mit der Sie die Netzwerke konfigurieren können, Aufgaben hinzufügen und Berichte generieren können. Dieses Tool ist als eigenständiges Programm, das Modelle im SBML-Standard unterstützt und ihr Verhalten mit ODES oder Gillespie's Stochastic Simulationalgorithmus simulieren kann; In solchen Simulationen können beliebige diskrete Ereignisse einbezogen werden. Copasi führt mehrere Analysen des Netzwerks und deren Dynamik aus und verfügt über umfangreiche Unterstützung für die Parameterschätzung und -Optimierung. Copasi bietet Mittel, um Daten in kundengerechten Parzellen, Histogrammen und Animationen von Netzwerkdiagrammen zu visualisieren Haupteigenschaften: Modell: Chemisches Reaktionsnetzwerk. willkürliche kinetische Funktionen. odes für Fächer, Arten und globale Mengen. Zuweisungen für Fächer, Arten und globale Mengen. Anfängliche Aufträge für Fächer, Arten und globale Mengen. SBML-Import (L1V1 + 2, L2V1-4) und Export (L1V2, L2V1-4). Analyse: stochastische und deterministische Zeitkurssimulation Feste Zustandsanalyse (einschließlich Stabilität). Metabolische Steuerungsanalyse / Sensitivitätsanalyse. Elementary-Modusanalyse. Massenerhaltungsanalyse. Zeitskala-Trennungsanalyse Berechnung von Lyapunov-Exponenten. Parameter Scans. Optimierung beliebiger objektiver Funktionen. Parameterschätzung mit Daten aus Zeitkurs- und / oder stationären Experimenten gleichzeitig. Grafische Benutzeroberfläche (copasiui) Slider für interaktive Parameteränderungen. Farbcodierte Tabellen 3D-Balk-Diagramme -Pritze und Histogramme. Netzwerkdiagrammvisualisierung der Ergebnisse. Befehlszeile (Copasive) für die Batch-Verarbeitung. Versionen für MS Windows, Linux, Mac OS X und Solaris SPARC. Laden von Legacy GEPASI-Dateien. Export in Berkeley Madonna, XPPAUT und C-Quellcode des aus dem Modell generierten ODE-Systems. Einsparung mathematischer Formeln und ODES in Mathml oder Latex

Copasi Zugehörige Software