Bissnp. Bisulfit-SEQ / Nome-SEQ-SNPs und Cytosin-Methylierungsanrufer
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Bissnp. Ranking & Zusammenfassung

Bissnp. Stichworte

Snp

Bissnp. Beschreibung

BissNP wurde speziell als nützliches Werkzeug entwickelt, das auf dem GENOM-Analyse-Toolkit basiert. BissNP nutzt die Bayesian-Inferenz mit entweder manuell festgelegten oder automatisch geschätzten Methylierungswahrscheinlichkeiten mit unterschiedlichem Cytosin-Kontext zum Bestimmen von Genotypen und Methylierungsniveaus gleichzeitig. Die Software kann für Single-End- und Paired-End-Reads funktionieren. BissNP wird in der Java-Programmiersprache entwickelt. Haupteigenschaften: rufen Sie an und fasst die Methylierung von Cytosin-Kontext an (CPG, CHG, CHG, CHG, GCH et.al.); zusammen. Genaue Variantenerkennung. Aktivieren Sie die Neukalibrierung der Basisqualität und den Anruf in Bisulfit-Sequenzierung; Erlauben Sie ein Mehrfachausgabeformat, detaillierte VCF-Dateien, CPG-Haplotype liest die Datei zur mono-allelischen Methylierungsanalyse. Vereinfachtes Bettgraph, WIG- und Bettformat zur Visualisierung im UCSC-Genombrowser und im IGV-Browser.

Bissnp. Zugehörige Software