Bioimagexd. Dies ist eine kostenlose, offene Sorte-Software zur Analyse und Visualisierung von mehrdimensionalen biomedizinischen Bildern
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Bioimagexd. Ranking & Zusammenfassung

Bioimagexd. Stichworte

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Bioimagexd. Beschreibung

Bioimagexd ist ein Softwarepaket zur Verarbeitung, Analyse und Visualisierung von mehrdimensionalen Bilddaten. Wie der Name impliziert, ist die Software hauptsächlich für biologische Daten bestimmt, beispielsweise konfokale Mikroskopiebilder von lebenden Zellen, aber es ist vollständig für die Arbeit mit jeglichen Art von multidimensionalen Bilddaten geeignet. BioimageXD verfügt über eine einfache, intuitive Benutzeroberfläche, die auf einem einzigen großen Fenster basiert, und seine Vorgänge sind so konzipiert und funktionsfähig. Bioimagexd bietet erweiterte Dateieingabe- / -ausgaberfunktionen und mehrere Visualisierungsmodi (reichen von einfachen 2D-Slice-Anzeigen auf fortschrittliche 3D-Rendering). Diese können mit einem der zahlreichen Task-Modi (einschließlich Kanalmischung, Kollokalisierungsanalyse, Intensitätskorrektur und verschiedenen Filtern zum Entfernen von Rauschen, Segmentierung, Verfolgung, Messungen usw.) frei kombiniert werden. Mit dem eingebauten Animater können Sie atemberaubende Wanderungen erstellen, da es die vollständige Kontrolle über die Änderung der Kamerapfad-Zeitpunkte und die Ansicht von Winkeln aufweist. Haupteigenschaften: Bildanzeige: Öffnen Sie Daten in gemeinsamen Mikroskopieformaten (oder Bilder oder Bilder von Bildern und Zeitreihen) und zeigen Sie das Datenbild nach Bild an. Bildverarbeitung: Färben Sie Farbe / Helligkeit / Kontrast / Gamma, ändern Sie die Farbe oder die Palette eines Datensatzes / -kanals, filtern Sie das Geräusch aus, korrigieren Sie das Fluoreszenzbleichen in Zeitreihen Daten. 3D-Band-Rendering: 3D-Datensätze können interaktiv Volume gerendert Film machen: Verwenden Sie das Animator-Modul, um einen Kameratort um Ihre 3D-Daten einzurichten, und machen Sie einen Film, der sich dreht und fliegt, obwohl Sie zoomen, wie Sie möchten. Zeitreihendaten werden unterstützt: "4D-Daten". Colocalisation Analyse: Wir wissen, dass alle Zellbiologen mit konfokaler Mikroskopie immer nach Colocalisierung suchen! Mit unserem Kolokalisierungstool können Sie die Kolokalisierung der Signalintensität in einem Multi-Kanal-3D-Datensatz analysieren, um das Problem der falschen Kolokalisierung in Z-Stack-Projektionsbildern zu vermeiden, und einige statistische Analysen durchführen, die Ihnen eine schwere Anzahl der Menge und Qualität von Kolokalisierung in Ihren Daten. Verwendet ähnliche Algorithmen an diejenigen in Imagej, beispielsweise das WCIF-Plugin für automatische Kolokalisierungsschwellen, wobei die Methode der Costes et al. AFM Bildanzeige: Atomkraftmikroskopie und verwandte Bildgebungstechniken machen Bilder, die als 3D-Oberflächen erbracht werden können. Wir können auch einige nützliche Bildfilter und dergleichen hinzufügen. Vielleicht haben Sie eine Art AFM-Form - PDB- oder Cryoem-Struktur / Modellanschlusswerkzeug. Comaprison von Zellenoberflächenhöhenbildern mit konfokalen 3D-Datensätzen. Multiprozessor, Parallel-Computing, Cluster und Supercomputer: Im Rahmen des FINHPC-Projekts planen wir, bioimagexd zu aktivieren, um die Bildverarbeitung und andere Funktionen parallel und mit einem spezifischen CPU-spezifischen Vektorkodex (Altivec / Velocity-Motor auf G4 und G5 und MMX SSE SSE2 SSE3 auf IX86) auf dem Desktop auszuführen Computer, Cluster, Workstations, Server und Supercomputer mit großem gemeinsam genutzten Speicher

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