Baumfinder berechnet phylogenetische Bäume aus molekularen Sequenzen
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Baumfinder Ranking & Zusammenfassung

Baumfinder Stichworte

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Baumfinder Beschreibung

Die Baumfinder-Anwendung berechnet phylogenetische Bäume aus molekularen Sequenzen. Das Programm schließt sogar große Bäume durch maximale Wahrscheinlichkeit unter einer Vielzahl von Modellen der Sequenzentwicklung an. Es akzeptiert sowohl Nukleotid- als auch Aminosäuredaten und dauert die Heterogenität der Heterogenität. Für benutzerdefinierte Datenpartitionen, separate Raten, separate Kantenlängen, separate Zeichenzusammensetzungen können separate Modelle angenommen werden. Alle Parameter können aus den Daten geschätzt werden. Die Baumsuche kann durch vom Benutzer gelieferte topologische Zwänge geführt und auf Bäume beginnen. Es gibt einen Modellvorschlag, geeignete Modelle der Sequenzentwicklung vorzuschlagen. Das Vertrauen der abgeleiteten Bäume kann durch parametrische und nicht parametrische Bootstrapping, verschiedene Paired-Sites-Tests (ELW, BP, KH, SH, WSH, AU), ebenfalls in Kombination mit Informationskriterien, Kantenunterstützung von LR-ELW bewertet werden. Es gibt Tools, um Bäume- und Sequenzdaten zu manipulieren, Grundfrequenzen zu visualisieren, Konsens und Distanzbäume zu berechnen, TOPPOOLOGEN zu erhalten. Vertrauensgrenzen und andere Statistiken können für alle numerischen Ergebnisse erzielt werden. Das Programm kann die Divergenzzeiten durch die Full-Smoothing schätzen. Eine grafische Benutzeroberfläche nutzt Baumfinder sehr intuitiv. Datendateien und Rekonstruktionsparameter können interaktiv ausgewählt werden, die Ergebnisse werden auf dem Bildschirm angezeigt. Baumfinder ist in der funktionalen und systemunabhängigen Programmiersprache TL programmierbar, die ein breites Spektrum an Funktionalität bietet und den Forscher ermöglicht, problemspezifische Anwendungen zu erstellen. Teile der Software sind in TL geschrieben und können vom Benutzer geändert werden. Baumfindersprache TL ist eine allgemeine Programmiersprache mit zahlreichen spezialisierten Werkzeugen, um biologische Daten zu handhaben. Es dient als Programmierschnittstelle des Baumfinderprogramms. Dieses Handbuch gibt einen Überblick über TL. Was TL von anderen Programmiersprachen unterscheidet, ist, dass es eine Vielzahl von Programmierstilen unterstützt. Zu jeder Zeit kann ein Programmierer den Programmierstil auswählen, der die leistungsstärkste in einer bestimmten Situation ist.

Baumfinder Zugehörige Software