Bamarray Bayesianische Analyse der Varianz für Microarrays
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Bamarray Ranking & Zusammenfassung

Bamarray Stichworte

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Bamarray Beschreibung

Bamarray ist eine fortschrittliche und professionelle Anwendung, die den BAM TEEKNIQUE implementiert. BAM ist eine neue statistische Technik zum Erkennen differentialer Ausdruck von Genen aus Microarray-Daten. Im Mittelpunkt des Verfahrens ist eine spezielle Art von Signalerfassungs-Technik, die das falsche Signal abquetscht, während das echte Signal allein hinterlässt. Standardmethoden suchen nach Genen, indem er sich auf Elementarteststatistiken mit Daten von einem Gen zu einem Zeitpunkt (z. B. T-Tests oder Kontraste aus ANOVA-Modellen) setzt. Gene-Listen werden durch Filterstatistiken erhalten, indem der Versuch, den Gesamt-Typ-I-Fehler oder die falsche Ermittlungsrate zu steuern, oder durch Filtern mit einem vom Benutzer angegebenen Cutoff-Level. BAM nimmt einen grundsätzlich unterschiedlichen Ansatz an und konzentriert sich stattdessen, wenn er die differentielle Wirkung eines Gens durch die Synthese von Informationen über alle Gene gleichzeitig synthetisiert. Anstatt Gene zu filtern, werden geschätzte Effekte in Mustertypen zugeordnet. BAMs spezielles Signalerfassungsmechanismus schrumpft auf null geschätzte Effekte für Gene, die unwahrscheinlich differentiell exprimiert werden, und folglich werden Zinsmuster mit grafischen Visualisierungswerkzeugen stark interpretierbar. Interessenmuster könnten "Hit-and-Run" -Ge-Gene sein, die ein biologisches System für nur einen bestimmten Zeitraum beeinflussen, oder in der gesamten Prozess beteiligten Genen. BAM gilt für multiGroppige experimentelle Designs, wie beispielsweise Daten, die über verschiedene Phasen einer Krankheit gesammelt wurden. Andere Anwendungen umfassen Genexpressionszeitprofiling für Zeitkursdaten, Ausreißererkennung, invariante Set Normalization, Gene Atlas Transkriptome-Mappings sowie viele andere Probleme. Haupteigenschaften: Bamarray ist eine benutzerfreundliche Java-Anwendung, die auf verschiedenen Betriebssystemen läuft. Bamarray kann auch im Batch-Modus unbeaufsichtigt auslaufen, der von einer Skriptdatei initiiert wurde. Der Batch-Modus kann mehrere Datendateien sequenziell verarbeiten und die resultierende Analyse auf der Festplatte speichern. Mit benutzerdefinierten Scripts werden Benutzer mit verschiedenen Software-Arten von Software, z. B. BIOCONDUCKOR und R. Bamarray verfügt über ein Speichern von Lauffunktionen, mit dem Benutzer die Ergebnisse eines Laufs für den späteren Abruf speichern können. Ein Lauf, der nur wenige Minuten dauern kann, können in nur wenigen Sekunden mithilfe des Wiederherstellungslaufs wiederhergestellt werden. Lauf speichern kann auch im Batch-Modus ausgelöst werden. experimentelle Designs mit unbegrenzten Gruppen sind untergebracht. Zur Identifizierung spezifischer Arten von Genmustern stehen Visualisierungsplätze zur Verfügung. Bamarray klassifiziert die Gene automatisch in Genmuster. Bamarray ist nahezu automatisch und frei von komplizierten Abstimmparametern. Die meisten statistischen Methoden erfordern einen vom Benutzer angegebenen Filterwert zur Ermittlung erheblicher Gene. Bamarray bietet einen automatisierten Wert. ungleichere Abweichungen über Gene und experimentelle Gruppen werden systematisch von einem automatisierten Vorverarbeitungsschritt gehandhabt, der die Gruppenunterschiede über Gene nicht künstlich dämpft oder verstärkt (wie mit anderen Transformationen, wie z. B. Logarithmen). Grafische Tools mit dem Zoom-In und Lassoing ermöglichen es Benutzern, die Benutzerlisten von Genen interaktiv zu generieren. Gen-Etiketten können ein- oder ausgeschaltet werden, sodass Gene von Interesse leicht identifiziert werden können. Spezifische Gene können mit einer Dropdown-Liste markiert werden oder indem eine Tracking-Liste aus Genetiketten eingebaut wird, die in einer vorhandenen Datei gefunden wurden. Gen-Listen können exportiert werden. Exportlisten können mit dem Batch-Modus automatisiert werden. Zahlen können als Publikationsqualitätsfarbgrafik gespeichert werden. -Prachen zum Testen der zugrunde liegenden Annahmen des Modells sind als Teil der Grafik-Suite enthalten. unterstützt JRE 6.

Bamarray Zugehörige Software