Arlequin liefern den durchschnittlichen Benutzer in der Bevölkerungsgenetik mit einem großen Teil grundlegenden Methoden und statistischen Tests, um Informationen zu genetischen und demografischen Merkmalen einer Sammlung von Bevölkerungsstichproben zu extrahieren. Die grafische Schnittstelle ist so konzipiert, dass Benutzer die unterschiedliche Analyse schnell auswählen können, die sie in ihren Daten ausführen möchten. Wir fühlten uns wichtig, dass wir die Daten erkunden können, um mehrmals den gleichen Daten, die aus verschiedenen Perspektiven eingestellt sind, mit unterschiedlichen ausgewählten Optionen analysieren. Die in Arlekin implementierten statistischen Tests wurden ausgewählt, um verborgene Annahmen zu minimieren und so mächtig wie möglich zu sein. Somit unternehmen sie oft die Form von Permutationstests oder exakten Tests mit einigen Ausnahmen. Da Arlekin ein reichhaltiges Funktionen und viele Optionen hat, bedeutet dies, dass der Benutzer einige Zeit verbringen muss, um sie zu lernen.
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