AMMP. Eine moderne voll ausgestattete molekulare Mechanik
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AMMP. Ranking & Zusammenfassung

AMMP. Stichworte

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AMMP. Beschreibung

Die AMMP-Anwendung wurde entwickelt, um ein modernes molekulares Mechanik, Dynamik und Modellierungsprogramm zu sein. Es kann sowohl kleine Moleküle als auch Makromoleküle manipulieren, einschließlich Proteinen, Nukleinsäuren und anderen Polymeren. Neben den Standardmerkmalen, wie numerisch stabile molekulare Dynamik, schnelle Multipol-Methode, um alle Atome bei der Berechnung langer Bereichspotenziale und robuste strukturelle Optimierer einzubeziehen, hat sie eine flexible Auswahl an Potentialen und eine einfache, aber kräftige Fähigkeit, Moleküle zu manipulieren und individuell zu analysieren Energiebedingungen. Ein großer Vorteil gegenüber vielen anderen Programmen besteht darin, dass es einfach ist, nicht standardisierte Polymerverbindungen, ungewöhnliche Liganden oder nicht standardisierte Rückstände einzuführen. Das Hinzufügen fehlender Wasserstoffatome und das Abschluss von Teilstrukturen, die für viele Programme schwierig sind, sind in AMMP unkompliziert. AMMP versteht nur seine eigene Sprache. Sie lesen eine vorhandene Koordinatendatei, indem Sie ihn in AMMP-Sprache zusammenstellen. Das Programm PreamMP (Prewin) tut dies. PRAMMP kann allein ausgeführt werden oder aus dem Menü Datei in AMMP95 aufgerufen werden. PREAMMP erfordert mehrere Eingänge. Sie werden für jeden von ihnen mit einem Windows-Dateiwahlmenü aufgefordert. Wenn Sie dies nicht mögen, stornieren Sie einfach das Fenster und geben Sie den Dateinamen im Fenster Prewin Man ein (dies ist einfacher zu tun, als zu beschreiben!). Wenn Sie keine Datei haben, z. B. beim Generieren von Koordinaten von Scratch, müssen Sie beide das Windows-Datei auswählen und dann die Rendite für das Hauptfenster eingeben. PREAMMP funktioniert nur einen Rückstand auf einmal. Sie müssen die Interonomergestänge in einem Polymer liefern. Skripts wie PEPLINK.AMP (für Proteine) und NDICK.AMP (für Standard-DNA / RNA-Verknüpfung) werden geliefert. Diese wurden erzeugt, indem die Vorlage für den Dimer erzeugt und die entsprechenden Begriffe extrahiert wird. Sie sind auch ein guter Ort, um zu sehen, wie Sie Atome und Potenziale in einem automatischen Skript manipulieren können. Um ein neues Molekül zu erstellen, müssen Sie zuerst eine Vorlage definieren. Du rennst dann PREAMMP. Wenn PreamMP nach einem Koordinatensatz fragt, geben Sie keinen Dateinamen ein. Im Gegensatz zu dem vorhandenen Molekül-Fall kann PREAMMP nicht automatisch die Art von Molekül aus den Koordinaten nachschlagen. Sie werden also aufgefordert, einen Molekülnamen einzugeben. Dies ist auf drei Zeichen begrenzt, um in das PDB-Format zu passen. (Entschuldigung dagegen, aber das ist es).

AMMP. Zugehörige Software