Openms Ein Open-Source-Framework für die Massenspektrometrie
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Openms Stichworte

verwalten Rahmen Spektrometrie-Framework. LC / MS Data Management LC / MS-Datenanalyse Spektrometrie

Openms Beschreibung

Ein Open-Source-Framework für die Massenspektrometrie OpenMs ist eine kostenlose und Open-Source-Software C ++ - Bibliothek, die Ihnen bei der LC / MS-Datenverwaltung und -analyse hilft. OpenMMs bietet eine Infrastruktur für die Entwicklung von Massenspektrometrie-Software. Signalverarbeitung: · Hohe Durchsatzanalyse von Proteinen mit Massenspektrometrie erfordert eine effiziente Signalverarbeitung, die die Datenmenge mit minimalem Informationsverlust verringert. Die Peaks müssen erkannt werden, und wichtige Merkmale wie ihre Peak-Centroid-Position, die Höhe und der Bereich müssen bestimmt werden. · Für die Peak-Kommissionierung schlagen wir ein Wavelet-basiertes Schema für die Verarbeitung von Massenspektrometriedaten vor, die mit der Bearbeitung von Massenspektrometriedaten umgehen können Die Schwierigkeiten, die von Anwendungen in Proteomics aufgestellt wurden. · Häufig werden mehrere Vorverarbeitungsschritte auf Rohdaten vor der tatsächlichen Peak-Picking angewendet. OpenMs unterstützt auch die Baseline-Reduktion und die Rauschfilterung von Rohdaten. Feature Funding: · Nach der ersten Datenreduzierung durch Peak Picking besteht unser Ansatz darin, die Datenmenge noch weiter zu reduzieren. · Dies geschieht, indem alle in derselben "Funktion" gehörenden Peaks (chemischer Entität, beispielsweise eine Peptidladung gehören Variante) und ein theoretisches Modell an sie einzustellen. Ein Qualitätswert ist jedem Merkmal in Bezug auf seine Messung in jeder Dimension der Charakterisierung, z. Sein Elutionsprofil (Retentionszeit) und Isotop-Verteilung (Masse-to-Ladung). · Die Merkmale werden dann für labelfreie und isotop-markierte Quantifizierung verwendet. Visualisierung: · OpenMs können HPLC-MS-Daten in mehreren unterschiedlichen Ansichten visualisieren. Einzelne Scans können in einem 2-dimensionalen Grundstück angezeigt werden. Die komplexeren Karten können in einer 2D-Ansicht (Vogelperspektive mit farbkodierten Intensitäten) und sogar in einer 3D-Ansicht angezeigt werden. Die Darstellungen der Daten sind hoch konfigurierbar und können somit in vielen Anwendungen wiederverwendet werden. · Die Bilder rechts sind Screenshots von 'toppview', einem MS-Daten-Viewer, der Teil von Topps ist. Kartenzuordnung: · Viele Proteomics-Experimente bestehen aus mehreren HPLC-MS-Läufen. Die Läufe müssen ausgerichtet sein, um für Probleme in der Chromatographie zu korrigieren. Karten-Mapping ist der Prozess, in dem Karten von Spitzen oder Funktionen verschiedener Messungen überlagert sind. · Der erste Schritt besteht darin, eine Transformation zu finden, die Merkmale von einer Karte in der Nähe der entsprechenden Merkmale in der anderen Merkmale bewegt. Ein Standard-geometrischer Hashing-Ansatz ist in den meisten Fällen ausreichend. · In dem zweiten Schritt bestimmt es eine kombinatorische Anpassung und extrahierte Gruppen entsprechender Merkmale zur Differenzanalyse. Identifikation: · Die Identifizierung von Peptiden und Proteinen ist eine der Hauptaufgaben in der Proteomics Research. OpenMs können die Datenformate der beliebtesten Identifikationsmotoren lesen und schreiben, z. Sequest, Maskottchen, Omsa, X! Tandem. Datenstrukturen für diesen Speicher Die Daten zur weiteren Analyse von Identifikationsergebnissen sind verfügbar. · OpenMs können z.B. Filtern Sie die Identifikationsergebnisse, berechnen Sie Konsensergebnisse mehrerer Identifikationsmotoren. Zusätzlich können die Identifikationen mit der Retentionszeitvorhersage validiert werden. Datenbankunterstützung: · Hohe Durchsatztechnologien in modernen Proteomiken führen zu vielen Daten, die annotiert, analysiert und gespeichert werden müssen. Die riesige Datenmenge erhebt Datenbank-Unterstützung ein wesentliches Merkmal von fast jedem Proteomics Application.Openms bietet Datenbankunterstützung über das QT SQL-Modul, das die Verwendung einer Vielzahl verschiedener SQL-Datenbanken ermöglicht. · Das Datenbankmodell von OpenMs entspricht soweit möglich zum HUPO PSI-OM-Modell.

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