ELSTER Ein Java-basiertes umfassendes Projekt, das die DNA-Eigenschaften und Proteinsequenzen untersucht
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ELSTER Ranking & Zusammenfassung

ELSTER Stichworte

Protein lernen dna. Proteinsequenz Studien-DNA. DNA-Präsentation

ELSTER Beschreibung

Ein Java-basiertes umfassendes Projekt, das die DNA-Eigenschaften und Proteinsequenzen untersucht Elster oder das Mehrzweck-Automatisierte Genom-Projektuntersuchungsumfeld ist ein Softwarebündel für die automatisierte Darstellung von DNA- und Proteinsequenzen.Ein Elsterinformationen über die Coding-Wahrscheinlichkeit eines OrFs wird als Satz von 6 Attributen angezeigt. Diese Informationen finden Sie in der CONTIG-Grafik und in der ORF-Informationszeile auf der grünen Seite. Die ersten drei Attribute FACs spiegeln kalkulierbare Eigenschaften der Sequenz wider, während PDM beschreibt, wie viele externe Beweise (über Datenbanksuche) über die Funktion des Sequenz haben. Je mehr Blau (Stufe 1) in der Box ist, desto wahrscheinlicher ist das ORF wirklich eine kodierende Sequenz. · F: (Ja / Nein) Passt die potenzielle kodierende Sequenz in diesem Codon-Nutzungsprofil dieses Organismens (mit einem 99% Vertrauen Chi-Quadrat-Güte des Fit-Tests) · A: (Ja / Nein) ist die A + G% der Sequenz > 50%, charakteristisch für kodierende Sequenz in vielen Organismen · C: (Level 1, 2, 3 oder 4) Wie ist der G + C-Kompensation in der zweiten und dritten Codonposition? Die meisten Organismen folgen einem Muster auf dem G + C-Gehalt, der in der dritten Position "Waggle" höher ist. · P: (Level 1,2 oder 3) Gibt den besten Niveau der Beweise an, die wir haben, die aus einem Protein-Pegel-Match (z. B. gegen Genpept- oder ERNA-Niveau-MRNA / cDNA-Treffer) besteht. · D: (Level 1, 2 oder 3) Weist auf das beste Niveau der Beweise an, das wir haben, der aus den Übereinstimmungen zu DNA-Sequenzen im DNA-Vergleich besteht (z. B. Suchen gegen GenBank) · M: (Level 1, 2 oder 3) Zeigt den besten Niveau an, die wir haben, die wir haben von Übereinstimmungen zu Proteinfamilien (z. B. PFAM) oder bekannten Bindungsstellenmustern (Prositionen) Anforderungen: · Java

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