MCL-Algorithmus MCL-Algorithmus ist ein skalierbarer Clusteralgorithmus für Diagramme, die auf dem stochastischen Strömung basieren.
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MCL-Algorithmus Ranking & Zusammenfassung

MCL-Algorithmus Stichworte

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MCL-Algorithmus Beschreibung

MCL-Algorithmus ist ein skalierbarer Clusteralgorithmus für Diagramme, die auf dem stochastischen Strömung basieren. Der MCL-Algorithmus ist ein skalierbarer Clusteralgorithmus für Diagramme, die auf dem stochastischen Strömung basieren. Der durch den Algorithmus verwendete Strömungsprozess ist mathematisch klingt und an die Clusterstruktur in Diagramme intrinsiv gebunden, die als der vom Prozess verlassene Impressum offenbart wird. Die Gewindeimplementierung hat Graphen von bis zu einer Million Knoten innerhalb von Stunden behandelt und wird im Bereich der Proteinfamilienanalyse weit verbreitet. Es verfügt über eine Vielzahl von Geschwister-Dienstprogrammen zur Handhabung und Analyse von Diagrammen, Matrizen und Clusterings.Der MCL-Algorithmus simuliert den Fluss mit (abwechselnden) zwei einfachen algebraischen Operationen auf Matrizen. Seine Formulierung ist einfach und elegant. Es gibt keine hochrangigen Verfahrensanweisungen zum Zusammenbauen, Verbinden oder Aufteilen der Gruppen - Clusterstruktur ist bootbrappy über einen Durchflussprozess, der von einer von jeder vorhandenen Clusterstruktur inhärent betroffen ist. Die erste Operation, die von MCL verwendet wird, ist die Expansion, die mit normaler Matrixmultiplikation zusammenfällt. Expansionsmodelle Die Ausbreitung aus dem Fluss, es wird immer homogener. Die zweite ist Inflation, was mathematisch eine Hadamard-Macht spricht, gefolgt von einer diagonalen Skalierung. Inflation modelliert die Kontraktion des Strömungskontraktivs, es wird in Regionen mit höherem Strom und dünner in Regionen des niedrigeren Stroms dicker. Der MCL-Prozess führt dazu, dass der Fluss in natürlichen Clustern ausgebreitet wird und zwischen verschiedenen Clustern dazwischen eingedampft wird. Durch variable Parameter können Clusterings auf verschiedenen Granularskalen gefunden werden. Die Anzahl der Cluster kann und müssen nicht im Voraus festgelegt werden, der Algorithmus kann jedoch an verschiedene Kontexte angepasst werden. Das Thema "Wie viele Cluster?" wird nicht willkürlich behandelt, sondern von einer starken internen Logik. Die Clusterstruktur lässt ihre Markierungen auf dem vom Algorithmus simulierten Durchflussprozess, und die Durchflussparameter steuern die Granularität des Cluster-Impressums. Die Grenze des MCL-Prozesses (der vom Algorithmus simulierte Prozess) ist im Allgemeinen extrem spärlich, und die Iteranden sind in einem gewichteten Sinne spärlich. Dies ergibt die Mittel, um den Algorithmus drastisch zu skalieren, was zu einer schlechtesten Wechselkomplexität von NK ^ 2 führt, wobei n die Anzahl der Knoten des Eingabegraphen ist, und wobei k ein Schwellenwert für die Anzahl der pro Knoten zugewiesenen Ressourcen ist. Die Konvergenzrate des MCL-Prozesses und der Projektion der Iterands anschließend auf das resultierende Clustering geben Haken für die unbeaufsichtigte Parametereinstellung. Die Iteranden des MCL-Prozesses weisen strukturelle Eigenschaften auf, die eine Cluster-Interpretation ermöglichen, und die die Abbildung der MCL-Grenzwerte auf Clusterings verallgemeinern. Die mit dem MCL-Prozess verbundene Mathematik zeigt, dass eine intrinsische Beziehung zwischen dem MCL-Prozess und der Clusterstruktur in Graphen besteht. Dies ist bei den vielen heuristischen Ansätzen der Clusteranalyse sehr wertvoll. Was ist neu in dieser Version: · Diese Version verbessert die Unterstützung beim Lesen und Umwandeln von mRNA-Array-Daten. · MCL hat eine Option zum spartigen Eingabediagrammen erworben, und Analyse-Modi wurden aufgeteilt und sind jetzt als Modus im CLM-Programm verfügbar. · Ein Fehler, der in MCL-09-182 in den Cluster-Interpretationsroutinen eingeführt wurde, wurde behoben. · Das MCX-Programm kann jetzt sowohl die Knoten-Exzentrizität als auch die Zentralität zwischen mehreren Maschinen und mehreren Fäden berechnen. · In der gesamten Suite der Programme wurden geringfügige Verbesserungen vorgenommen.

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